A proposta do Curso é formar pesquisadores, entendendo que a condução de pesquisa de qualidade é essencial para o bom desempenho do ensino universitário. O Mestrado tem como objetivo a obtenção de conhecimentos gerais da área de atuação do curso, aprofundamento dos conhecimentos em disciplinas específicas do campo onde atua, além da exposição prática ao método científico através da execução dos experimentos necessários ao seu trabalho de conclusão do curso. Nesta perspectiva o Mestrado tem dupla função: preparar alunos para a etapa seguinte da formação científica e melhorar o seu desempenho como professor. No sistema atualmente utilizado no PGPAT espera-se a conclusão do curso em prazo não superior a 24 meses.

O Doutorado é visto como a etapa de formação do pesquisador independente. Tal formação se dá pelo trabalho orientado por pesquisador já formado, onde a dedicação, o estudo independente e os trabalhos específicos são mais importantes que o ensino ministrado em disciplinas. Espera-se que o Doutorado seja concluído em um prazo não superior a 48 meses.