O Curso de Pós-Graduação em Patologia (PGPAT) foi implantado na Universidade Federal da Bahia (UFBA) em 1972, como Mestrado em Patologia Humana, sendo complementado com Doutorado em 1989. O sucesso do curso pode ser atribuído ao fato de ter sido implantado por um grupo de excelência em Patologia, que atuava no Serviço de Anatomia Patológica do Hospital Universitário Professor Edgard Santos (UFBA). A Escola de Patologia da Bahia, liderada pelo Prof. Zilton Andrade, teve neste curso de pós-graduação um importante papel na formação de patologistas voltados para as áreas de pesquisa e ensino. Desde a sua primeira avaliação pela CAPES o curso obteve conceito “A”. Com a nova sistemática de avaliação, o curso está com conceito 6. O PGPAT é sediado no Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz (CPqGM) uma das mais produtivas unidades da Fundação Oswaldo Cruz. Na realidade, um dos marcos mais importantes para o desenvolvimento do Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz foi o deslocamento do Curso de Pós-Graduação em Patologia Humana do Campus da Universidade Federal da Bahia para o do Centro de Pesquisas. Quase todos os pesquisadores do CPqGM são professores do Curso e uma parte considerável dos trabalhos de pesquisa dos estudantes são desenvolvidos nos seus laboratórios. Ainda mais importante, o Curso mantém sua forte vinculação com o Hospital Universitário Professor Edgard Santos, onde atuam professores do curso, que orientam estudantes em Patologia Humana, utilizando material da rotina do Serviço de Anatomia Patológica. Dessa forma, o PGPAT se constitui em um importante núcleo de produção científica e formação de pesquisadores. Muitos de seus alunos tornaram-se atores da expansão do CPqGM, dando-lhe a dimensão atual. Professores de Patologia e pesquisadores formados neste curso estão hoje espalhados por várias Universidades e Institutos de Pesquisa do país.
O PGPAT se consolidou sob a coordenação da Prof. Sônia Andrade, a qual esteve a frente do Curso por mais de 20 anos. Durante 23 anos de funcionamento atendeu a uma clientela formada, exclusivamente, por médicos com especialização em Anatomia Patológica ou Imunologia. As áreas de concentração eram Patologia e Imunopatologia, e as linhas de pesquisa eram voltadas para a patologia de doenças parasitárias com forte destaque para o estudo da Doença de Chagas, Esquistossomose e Leishmaniose. Em 1995, o CPqGM, através de sua diretoria, fez a proposta de tornar o Curso de Pós-Graduação em Patologia interinstitucional, comum à UFBA e à FIOCRUZ, com extensão do atendimento a profissionais das várias áreas das ciências biomédicas, envolvendo medicina, biologia, farmácia, odontologia etc. A proposta contou com o apoio da Reitoria da Universidade Federal da Bahia e da Presidência da Fundação Oswaldo Cruz, sendo elaborado um Termo Aditivo ao Convênio de Cooperação firmado entre as duas Instituições, passando o Curso de Pós-Graduação em Patologia a ser reconhecido como interinstitucional pelas signatárias do Termo.