O PGPAT solicita regularmente bolsas da CAPES, do CNPq, e FAPESB. Mesmo assim o PGPAT não pode assumir o compromisso de conceder bolsas a todos os estudantes aceitos.
Para receber bolsa de qualquer das modalidades os estudantes devem atestar não possuir vínculo empregatício nem outra atividade remunerada e se dedicar integralmente às atividades do curso. As bolsas, de qualquer modalidade, não podem ser acumuladas. O suporte para alunos é limitado ao máximo de 24 meses no Mestrado e de 48 meses no Doutorado, independente da origem da bolsa. O auxílio da FIOCRUZ é restrito aos alunos que estejam realizando o seu trabalho em laboratório do CPqGM.
No caso de haver insuficiência de bolsas para atender os alunos habilitados, a decisão Será tomada pela Comissão de Bolsas do PGPAT (formada pelo Coordenador, um Professor Permanente e um representante discente).
De acordo com a Ordem de Classificação no Processo Seletivo, os alunos receberão bolsas do CNPq, CAPES ou FIOCRUZ.
OBS. O tempo de estudos não será computado para fins de aposentadoria a menos que, durante o período de estudos, o estudante efetue contribuição para a Seguridade Social, como “contribuinte facultativo”, na forma dos art. 14 e 21, da Lei nº 8.212, de 24/07/91.