O PGPAT recebe cotas anuais limitadas de bolsas de estudos (CAPES, FAPESB e/ou CNPq) e, por isso, não assume o compromisso de conceder o benefício a todos os estudantes aprovados.
A prioridade das bolsas de estudos é dada a estudantes que se dedicam integralmente às atividades de ensino e pesquisa do PGPAT. O tempo máximo para a concessão do apoio financeiro é de 24 meses para o Mestrado e de 48 meses, para o Doutorado.