La propuesta del Curso es formar investigadores, y se entiende que la conducción de una investigación de calidad es esencial para el buen desempeño de la enseñanza universitaria. La Maestría tiene como objetivo la obtención de los conocimientos generales del área de actuación del curso, la profundización de los conocimientos en las disciplinas específicas del campo donde actúa, y además la exposición práctica al método científico mediante la ejecución de los experimentos necesarios a su trabajo de conclusión de curso. En esta perspectiva la Maestría tiene la doble función: preparar alumnos para la etapa siguiente de la formación científica y mejorar su desempeño como profesor. Dentro del sistema actualmente utilizado en el PGPAT se espera que a conclusión del curso ocurra dentro de un plazo no superior a 24 meses.
El Doctorado es considerado como la etapa de formación del investigador independiente. Tal formación se da por el trabajo orientado por un investigador ya formado. En esta orientación la dedicación, el estudio independiente y los trabajos específicos llegan a ser más importantes que la enseñanza formal organizada en disciplinas. Se espera que el Doctorado sea concluido en un plazo no superior a 48 meses.