El PGPAT solicita regularmente becas de CAPES, del CNPq, y FAPESB. A pesar de eso el PGPAT no puede asumir el compromiso de conceder becas a todos los estudiantes que son aceptados.
Para recibir una beca de cualquiera de las modalidades los estudiantes deben atestar que no tienen vínculo de empleo ni otra actividad remunerada y dedicarse en forma integral a las actividades del curso. Las becas, de cualquier modalidad, no pueden ser acumuladas. El soporte para alumnos es limitado a un máximo de 24 meses en la Maestría y de 48 meses en el Doctorado, independiente del origen de la beca. El auxilio de la FIOCRUZ se restringe a los alumnos que estén realizando su trabajo en un laboratorio del CPqGM.
En el caso de insuficiencia de becas para atender a los alumnos habilitados, la decisión será tomada por la Comisión de Becas del PGPAT, que es formada por el Coordinador, un Profesor Permanente un representante de los alumnos.
De acuerdo con el Orden de Clasificación en el Proceso Selectivo, los alumnos recibirán las becas del CNPq, CAPES o FIOCRUZ.